До складу наукових структурних підрозділів входять відокремлені наукові підрозділи, які діють за дорученням ректора університету та на основі відповідних положень та структурні наукові підрозділи навчально-наукових інститутів, факультетів та кафедр. На посилення координації науково-інноваційної роботи з іншими науковими організаціями та партнерами спрямована діяльність спільних наукових, науково-навчальних та центрів та комплексів.
Відокремлені наукові підрозділи
- Науково-дослідний інститут електроніки та мікросистемної техніки (НДІ ЕМСТ)
- Науково-дослідний інститут автоматизації експериментальних досліджень (НДІ АЕД)
- Інститут передових оборонних технологій (ІПОТ)
- Науково-дослідний центр “Ресурсозберігаючі технології” (НДЦ РТ)
- Науково-навчальний центр інформаційно-комунікаційних технологій НЕТКРЕКЕР – КПІ ім. Ігоря Сікорського
- Науково-технічний центр екотехнологій та технологій енергозбереження “ЕКОТЕЗ”
- Орган з сертифікації метало- та деревообробного обладнання та продукції машинобудування
- Особливе конструкторське бюро “Шторм”
- Конструкторське бюро “Політехнік”
- Центр колективного користування науковим обладнанням «Матеріалознавство тугоплавких сполук і композитів»